在音樂噴泉工程中，控制系統無疑是整個工程的核心所在，其在噴泉系統中的地位就相當于人的心臟和大腦，可見重要性非常之大。盡管電子控制技術的發展以及計算機的應用為音樂噴泉的控制技術開拓了新天地，并使之運行日漸簡單方便、功能強大，但如若想借助其更好地展現音樂噴泉造型千姿百態、優美動人的獨特魅力，還需對其進行擇優選擇。
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一、優選控制系統的重要性
控制系統所采用的控制技術水平和對音樂信號的分析處理水平，完全決定了整個音樂噴泉系統的效果，一套優秀的控制系統，可以使整個音樂噴泉系統具有卓越的表現力和強烈的震撼力，相反一套低水平的控制系統，則可以使具有同樣水型的噴泉系統，變得平庸和乏味。如果噴泉的控制系統發生癱瘓，則意味著整個噴泉系統處于癱瘓狀態。因此，噴泉中控制系統的設計是噴泉設計中的一個重要部分，應給予較大的重視。
二、噴泉常用控制系統分類
程序控制：系統的水型變化，按照預先設定組合和順序進行變化。這個功能常常用在無需音樂控制而進行的噴泉表演的情形。
手動控制：通過控制主機，操作人員只要用鼠標一點，便可隨意控制任何一種水型的開啟或者關閉，從而得以操作人員所需的水型組合。這個功能一方面方便了系統的測試和調試，另一方面，可以用在水型不需要變化時的情形。
外接音樂：此功能即為通常意義上的“音樂控制噴泉”。噴泉系統的水型變化隨著外接音樂的變化而變化(如：VCD、CD、磁帶、話筒等)。此功能是音樂噴泉經常使用的功能，音樂的選擇可以根據用戶的喜好任意選擇，噴泉的表現因此可以變得多姿多彩。
電腦音樂：對于大型“廣場噴泉系統”或“主題噴泉系統”，這個功能是十分必要的。電腦音樂控制系統不但有多種功能，而且還有它獨特的特性，具有可靠性、安全性、環保性、實用性、開放性等等。因此才能使音樂噴泉的水、聲、光、電融為一體，噴水更美麗，更有震撼力。【具體可參考《音樂噴泉水體造型緣何變化萬千？原來是有變頻調速技術助陣》的相關內容】
特別提醒：盡管目前可用于音樂噴泉的控制系統的種類有很多，從傳統的手動控制、電腦程控，到現如今的程控音樂和電腦音樂，但它們都擁有不同的運行機理及功能特點，所以，實際選擇之時，還需根據噴泉實際情況擇優選擇適用的控制系統。